Mubarak membantu Palestin terutama perjuangan Fatah yang dipimpin oleh Yasser Arafat.Beliau menyokong semua usaha yang dilakukan oleh Liga Arab. Mubarak juga menyokong Sidang Kemuncak Beirut pada 28 Mac 2002. Israel didesak berundur dari seluruh wilayah pendudukan, termasuk Bukit Golan,pemerintahan sendiri Palestin di Tebing Barat dan di Semenanjung Gaza dengan Jerusalem Timur sebagai ibu negara Palestin dan menyelesaikan kem pelarian Palestin. Sidang Kemuncak Riyadh 2007 hasil usaha Liga Arab mendesak menteri luar Jordan dan Mesir menyokong inisiatif Keamanan itu.

Pada 19 Jun 2008, Mesir menjadi orang tengah bagi meredakan peperangan antara Israel dengan Hamas. Perjanjian itu memerlukan Hamas berhenti melancarkan serangan ke atas Israel dan menguatkuasakan gencatan senjata di Tebing Gaza. Untuk itu, Israel membenarkan antara 500 dan 600 buah lori bekalan makanan masuk setiap hari ke Semenanjung Gaza .Hamas mengkritik Israel kerana sekatan masih berterusan sehingga rakyat Palestin terpaksa melakukan penyeludupan bawah tanah untuk ke seberang. Israel menuduh Hamas menyeludup senjata dari Mesir ke Gaza melalui terong-terowong tersebut. Oleh itu Israel terpaksa meneruskan serangan roket terhadap rumah-rumah awam yang menjadi pintu terowong tersebut.